江戸時代初期には天皇の地位が脅かされる危機にも直面していたようだ。『明治維新で変わらなかった日本の核心』（ＰＨＰ新書）において、磯田道史氏は以下のように書いている。
　〈家康が天下人となった幕初の頃、勢いをかって、徳川家のなかで、「なぜ天皇を徳川幕府は必要とするのか」という議論になったことがあった。なかには家康の側近・天海のように、「『メイド・イン・徳川』の官位をつくれば、天皇は必要ない。伊勢神宮の神主にして押し込めてしまえ。そうすれば天皇をおかしなことに利用される危険もなくなる」という意見も出ます。
　これに対し、伊勢の藤堂高虎が、いやそれではいけない。やはり「天朝（天皇）の御羽翼（補佐）となってこそ、諸大名も屈服し、万民も将軍を仰ぐ」といって諌めたといいます。この話は江戸後期の藤堂藩の史料に出てくるので、真偽ははっきりしませんが、ありえることです〉