右門の父・藤井又左衛門宗茂は、もともと赤穂浅野家に仕えていたが、元禄の赤穂事件を契機に富山に移り、津幡江村（現射水市津幡江）の若林源吾宅助のもとに寄寓することになった。この宅助との出会いが、宗茂の日蓮信仰をさらに強めるきっかけとなったのである。
宗茂が日蓮宗の信仰家であることを知った宅助は、宗茂を射水市小杉・日澄寺の日珠上人のもとへ案内した。当時、日珠上人は気概に溢れる青年僧侶であり、日蓮聖人遺文録を講義して人々に感化を与えていた。福島瑞岳は「日珠上人と藤井右門先生」において、次のように書いている。
「又左衛門は日珠上人に接するや其熱心と國體観念に造詣の深かりしに敬信し、講義のある毎に欠かした事はなかった。…其後又左衛門は、日珠上人と別懇の間柄となり、遺文録を自ら求め宅助方にて拝読し、研究したのである」
こうした宗茂の日蓮信仰が右門にも影響を与えることになったのである。『勤王家藤井右門』を著した佐藤種治は次のように指摘する。
「右門には無論伊藤東涯の儒学の訓化の影響もあつたし、山崎闇斎の垂加流の神道が信仰の中心となつてはゐるが、彼の不屈不撓鉄よりも堅固い性格は幼少時代に日蓮宗から得た熱烈なる日蓮思想が、其深い根底をなしたことは、決して等閑に附し、否定はできないことゝ思うのであるが」
伊藤東涯（1670～1736年）は、伊藤仁斎の長男であり、孔子、孟子の原点に帰ることを主張した古学派の思想を継承していた。つまり、右門の思想には、崎門学とともに古学派と日蓮思想が影響を与えていた可能性がある。さらに、佐藤は右門に対する山鹿素行の影響を次のように指摘している。
「日本主義の儒学者たる山鹿素行は浅野長矩・長広等の師である。従つて藤井又左衛門の如き、此の学問は徹底とまでは進まずとも香はかいでいゐるわけであり、彼の子右門にも家庭に於て間接の影響は無いとは断言できぬ」「素行精神と日蓮精神と合一し融和し調和し消化せられた家庭の感化が影響したのであらう」