内山正熊は『神戸事件―明治外交の出発点』において、次のように指摘している。
「もしこの事件が幕末年間に起ったとしたならば、生麦事件のように外国人を殺傷したわけでもないこの事件は、単なる一渉外事件として片づけられたであろう。……
しかし、神戸事件の場合には開国和親の新政府声明がだされる前に勃発したものである。そこで、仮に日本側が外国人を殺傷したとしても、維新政府は攘夷の国策をいまだ続けていたのであるから、備前藩兵を処罰する根拠がなかったわけであって、本件での責任者は切腹する必要はなかった。したがって、責任者瀧を新政府が処断したのは、いわば超法規的措置によったことになる。それは、維新政府が、理不尽な外国の要求の前に一も二もなく、ただ平身低頭して陳謝屈伏した屈辱的外交にほかならない。……
明治維新は、対内的にこのような矛盾痛恨を包蔵した大変革であったが、対外的にもまたまさに鷲天動地の大改新であった。なぜならば、朝廷が倒幕の旗印であった尊王攘夷をすてて、開国和親へと百八十度の基本国策転換を行なったからである。その転拠の契機となったのが神戸事件であった。そして、その転換の過程で犠牲となったのが瀧だったのである」